Tên khai sinh của ông là Shimon, hay Simeon, Simon (tiếng Anh) và Si-mon (tiếng Việt). Về sau Chúa Giêsu đặt gọi ông là "Phêrô", theo tiếng La Tinh là "Petrus", một danh từ giống đực của danh từ giống cái petra mang nghĩa là "đá". Trong tiếng Hy Lạp, tên của ông là "Πέτρος (Petros)", cũng là dạng giống đực của πέτρα (petra) là "đá" - chú ý rằng chữ "petra" này là từ mượn gốc Hy Lạp của tiếng La Tinh. Trong nhiều trường hợp ông cũng được gọi là Si-mon Kê-pha; (Tiếng Aramaic:Šimʻōn Kêfâ; Tiếng Syriac: ܫܶܡܥܽܘܢ ܟ݁ܺܐܦ݂ܳܐ Sëmʻān Kêfâ), gọi theo tên của Phêrô trong tiếng Aram được Hy Lạp hóa.

Phiên bản tiếng Anh và tiếng Đức của chữ Phêrô là "Peter" (Pitơ), tiếng Pháp là "Pierre" (Pie), tiếng Ý là "Pietro" (Piêtrô), tiếng Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha là "Pedro" (Pêđrô), tiếng Ba Lan và tiếng Nga là "Piotr" (Piốt). Các phiên bản (giống cái) của từ "đá" (petra) cũng tương đối khá giống nhau trong nhóm ngôn ngữ Rôman: tiếng Tây Ban Nha là piedra, tiếng Ý là pietra, tiếng Pháp là pierre, và tiếng Bồ Đào Nha là pedra.

Trong tiếng Aram và Syriac, từ "đá" dược gọi là "kêpha" (cephas), sang tiếng Hy Lạp nó trở thành chữ tiếng Hy Lạp: Πέτρος.[10][11] Như vậy, trong nhiều trường hợp Phêrô cũng được gọi bằng các tên Simon Phêrô và Kêpha (Cephas (tiếng Hy Lạp: Κηφᾶς) hay Kepha (tiếng Hebrew: כיפא‎, cả Cephas và Kepha đều mang nghĩa là "đá").[12]

Tuy nhiên, nhà thần học Công giáo Rudolf Pesch cho rằng từ cepha trong tiếng Aram mang nghĩa "cục đá, cục đất, cuộn" và "đá" chỉ là nghĩa rộng; trong khi đó từ tiếng Hy Lạp petra mang nghĩa "grown rock, dãy núi đá, vách đá, hang động" và petros có nghĩa là "tảng đá nhỏ, đá lửa, đá để ném, tảng đá lăn".[13]